Hai trong số chín cửa sông Cửu Long là Ba Lai và Bát Sắc đã bị nghẽn và nước đã không còn lưu thông được nữa. Nguyên nhân bị nghẽn của sông Bát Sắc do các cồn cát ở hai cửa sông này phát triển mạnh tạo nên rào chắn lớn làm nghẽn đường chảy của cửa sông. Còn nguyên nhân nghẽn sông trên của sông Ba Lai là do tác động của con người, do xây dựng hệ thống cống đập. Việc hai cửa sông đã chết đã gây ra ảnh hưởng lớn như làm tăng tình trạng sạt lở đất và vận tải giảm sút.[2]

Sông Cửu Long đem lại nhiều lợi ích cho trồng trọt và thủy sản, nhất là trong mùa lũ. Nguồn cung cấp nước tưới, phù sa và rửa phèn cho đất lúa, cùng với lượng tôm cá dồi dào đã khiến cư dân nơi đây chấp nhận sống chung cùng lũ hơn là đắp đê như ở đồng bằng châu thổ sông Hồng. Nhưng dòng sông cũng gây ra nhiều mặt bất lợi, điển hình là úng ngập thường xuyên trong các tháng mùa mưa, hoặc tình trạng xâm nhập mặn vào mùa khô.